激活杏仁核的快速通路能够促使你的交感神经系统行动起来，可能会同时或分别引起焦虑和惊恐。你的杏仁核会在你的皮层知道发生了什么事情之前拉响警报。这意味着，在你思考什么事情导致你产生焦虑之前，你已经感到焦虑了。几分之一秒内，杏仁核就可以使甲肾上腺素在你的整个交感神经系统中激发出电脉冲，以此激活你的肾上腺。这些腺体会向你的血液中释放甲肾上腺素，使得你的系统发生波动，造成呼吸加快、心跳加速、血压升高。这就是“战或逃反应”。
“战或逃反应”在野生环境中非常有用。所有的哺乳动物都有这种自救能力。整个过程是从“愣住”开始的。当你晚上驾车行驶在乡村道路上，看到一只鹿站在路上瞪着眼看着你那快速驶近的汽车，这种情况下，鹿并不是吓傻了，它只是在做动物们已经做了几百万年的事—保全它的生命。当它们听到潜伏的捕食者靠近的声音，它们会站住不动，以便有时间在捕食者看清它们之前看清捕食者。因为许多捕食者会寻找移动的物体，而突然站住不动是迅速隐身的好方法。一旦动物看清了捕食者所处的位置，它就会继续其余的“战或逃反应”。当鹿站住不动时，它其实是在准备行动。尽管在我们看来鹿没做什么，但实际上，它的身体正紧绷着准备战斗或者逃跑。
正如鹿的反应一样，通过加快你的心率和呼吸为你的肌肉输送更多的氧气，肾上腺素为你的身体行动作好了准备。肾上腺素与你的肌梭结合在一起，强化你的静息张力，使得你的肌肉能够做出动作。如果你受伤，皮肤里的血管会收缩以避免流血，而且你的消化系统会停止工作以储存能量。唾液不再流出，因此你的嘴变干，膀胱的肌肉会松弛下来，不再浪费葡萄糖。
它们发挥作用的先后次序简略描述如下：杏仁核给下丘脑发出信号，下丘脑负责许多新陈代谢过程并涉及自主神经系统，这又给脑下垂体发出信号，脑下垂体又给肾上腺发出信号释放肾上腺素和皮质醇。这个链条被称做下丘脑–垂体–肾上腺轴。
从神经生化的角度讲，去甲肾上腺素与一个叫做促肾上腺皮质素释放因子的物质一起从杏仁核被传递至下丘脑，下丘脑给脑下垂体发出信号。然后脑下垂体通过血流发送一个慢速信息到你的肾上腺，告诉它们分泌皮质醇去应对紧张情绪，皮质醇是一种能够比肾上腺素更能让你保持长久兴奋的应激激素。在短时间内，皮质醇增强了多巴胺的功效，而多巴胺可使你保持警觉和活跃。然而，皮质醇活跃的时间太久，它就会对大脑和身体产生负面影响。如果拥有过多的和持续时间太久的皮质醇，多巴胺会耗尽，这会让你感到很难受。
然而，在短时间内，皮质醇的确很有用。如果你遇到应激反应，在经历了一次快速逃生或一次战斗之后需要有一个延续反应，你的身体需要有一种方式去“制造燃料”（葡萄糖）。肾上腺素立即转换糖原和脂肪酸，但是当应激反应持续较长时间，皮质醇就会取而代之。它是通过血流产生作用的，所以它的效果比肾上腺素要慢一些。
与肾上腺素相比，皮质醇的工作更有系统性。它会促使肝脏在血流中制造更多可用的葡萄糖，同时也阻止在非必要器官和组织中的胰岛素受体，那样你就可以得到需要克服恐惧的所有葡萄糖。皮质醇的工作是胰岛素抗性的一个长期工程，它为大脑供应一定浓度的葡萄糖。然而，你不会总是拥有大量的葡萄糖，所以皮质醇要为贮存能量而工作。它将蛋白质转换成糖原，并且开始贮存脂肪。如果应激反应是长期不断的，增加的身体脂肪就会被积存在腹部。如果你的上腹部逐渐突起，它可能是由于皮质醇正在努力地贮存能量。很不幸，脂肪的这种贮存方式不是你想要的，最好通过体育锻炼消耗掉贮存的这种能量。
与长期应激和高浓度的皮质醇相关联的许多问题之一是，大脑的几个部分承受了冲击，特别是海马体。海马体有许多皮质醇受体，通常情况下，这对关闭皮质醇有帮助，为的是减少皮质醇的产生，在这一点上，它非常像一个自动调温器。然而，当皮质醇的产量过多或者持续时间过长，海马体受体自身就会关闭。紧接着海马体就会萎缩，你的记忆力也随之减退。